北交所与沪深交易所是中国多层次资本市场体系中定位互补的三大核心平台，它们的根本区别在于服务对象和市场定位的巨大差异。北京证券交易所自2021年成立伊始，便肩负起服务创新型中小企业的特殊使命，特别是那些具备专精特新特征的早期、小型、新兴企业。这与服务成熟大中型企业的沪深交易所形成了清晰的错位发展格局，上交所侧重于大型企业和蓝筹股，深交所则聚焦于创新成长型企业。这种从根源上的定位分野，使得北交所更像是一个为尚在成长期的科技型小巨人量身定制的孵化平台，而沪深交易所则是已具规模企业的展示舞台，三者共同构建起覆盖企业全生命周期的融资服务体系。
在具体交易规则层面，两大体系呈现出显著不同的制度设计，这直接关系到投资者的交易体验。最为直观的区别在于价格波动区间，北交所为个股设定了30%的日涨跌幅限制，这不仅是沪深主板10%限制的三倍，也宽于科创板与创业板的20%，赋予了市场更大的价格发现弹性，以适应中小企业高成长性与高波动性并存的特点。北交所在交易单位上更为灵活，允许投资者以100股起购，并可以1股为单位递增，这与沪深市场通常要求的100股整数倍交易相比，大大提升了小额资金交易的便利性。新股上市首日，北交所不设涨跌幅限制，但配套了盘中临时停牌机制，以防范非理性波动，这与沪深市场的新股上市规则亦有所不同。
市场参与者结构是另一项关键区别，这直接源于差异化的投资者适当性管理。参与北交所股票交易，个人投资者需要满足证券账户资产日均不低于50万元以及具备24个月以上证券投资经验的双重门槛。这一较高的准入标准匹配中小企业相对较高的投资风险，其结果是塑造了以北交所以合格投资者及机构投资者为主导的市场生态，整体风格更趋理性和专业。反观沪深交易所，尤其是主板市场，对普通投资者的开户门槛较低，吸引了更为广泛的散户群体参与，市场结构呈现高度的多元化和散户化特征。
北交所与全国中小企业股份转让系统（新三板）实行一体化管理与协同发展，是其独特的制度优势。北交所的上市公司主要来源于新三板创新层，形成了基础层-创新层-北交所层层递进的市场结构。企业可以在新三板挂牌规范培育，达到相应标准后升级至北交所上市。更为重要的是，北交所还建立了向沪深交易所科创板和创业板的转板机制，为优质企业提供了进一步的上升通道。这种与新三板深度融合、与沪深交易所互联互通的机制，是沪深交易所所不具备的，它使得中国多层次资本市场真正实现了有机联动。
北交所的规则设计也充分考虑了创新型中小企业的特点，体现了更多的包容性和灵活性。在风险警示和退市环节，北交所并未简单照搬沪深交易所的ST制度，而是设置了差异化的、更具包容性的退市风险警示触发条件，特别是考虑到部分科技型和生物医药类企业可能存在前期研发投入大、尚未盈利的实际情况。这种更具针对性的制度安排，为真正具有创新潜力的中小企业提供更适宜的成长环境，同时通过多元化的退市指标和完善的转板机制，实现了优胜劣汰与稳定发展的平衡。
